به گفته سجاد تقوایی، مدیر نوآوری، فناوری و کارآفرینی دانشگاه شیراز، یکی از چالش‌های اصلی اکوسیستم نوآوری ایران عدم اتصال به اقتصاد کشور است. بنابر آمارهای موجود، اقتصاد دانش‌بنیان تنها حدود ۳ تا ۴ درصد GDP کشور را تامین می‌کند. این عدم اتصال به اقتصاد ناشی از آن است که اکوسیستم نوآوری و فناوری از ابتدا به شکل گلخانه‌ای یا جزیره‌ای شکل گرفته و با صنایع و چرخه‌های پول‌ساز اقتصادی ارتباط نگرفته است.