برخی از کارشناسان حوزه شهرسازی درخصوص تصمیم گیری های  کمیسیون ماده 5 هشدار داده اند. به گفته آنها برخی از مصوبات کمیسیون ماده 5 در تضاد با سیاست ها و کلیات طرح جامع است و معتقدند مدیران شهری به نوعی از کمیسیون ماده 5 سو استفاده می کنند . وظیفه کمیسیون 5 تغییر و تصویب طرح های تفصیلی است. البته چنانچه « تغییرات نقشه های تفصیلی اگر بر اساس طرح جامع شهری مؤثر باشد باید به تأیید مرجع تصویب کننده طرح جامع (شورای عالی شهر سازی و معماری ایران یا مرجع تعیین شده از طرف شورای عالی) برسد.» البته به تعبیر عامیانه مراجعین به شهرداری، کمیسیون ماده 5 تغییر کاربری است . در این سال ها بسیاری از بارگذاری های خارج از طرح تفصیلی و تغییر پهنه ها بر خلاف طرح های بالا دستی با مجوز این کمیسیون داده شده است .

محمود فاطمی عقدا ،رییس دبیرخانه کمیسیون ماده 5 شهرداری تهران در گفت و گو با اکو ایران از عملکرد این کمیسیون دفاع و تاکید می کند در تصمیماتی که در این کمیسیون گرفته می شود منافع شهروندان و هم منافع شهر همزمان در نظر گرفته می شود .

او تاکیدمی کند :‌ کمیسیون ماده 5 با سیاست حل مشکلات شهر و گره‌گشایی از کار مردم، تسهیل در اجرای پروژه‌های عمرانی شهر که لازمه‌ آنها تملک و تغییر کاربری هست، طی 6 ماه اخیر کار خود را سرعت داده است و همکاران ما و اعضای کارگروه فنی و اعضای کمیسیون با وقت‌گذاری بسیار خوب و کار شبانه روزی به کارها سرعت بخشیده به طوری که تقریبا می توانیم بگوییم نسبت به گذشته سرعت کار دبیرخانه بیش از 4 برابر شده است. در این مدت بیش از 30 طرح موضوعی و موضعی شهر تهران مصوبه کمیسیون ماده 5 را توانسته بگیرد.برای  بیش از 40  طرح های موضعی و موضوعی که دبیرخانه ارسال شده  کار کارشناسی انجام شده  که  از این تعداد بررسی 10 طرح انجام شد و احتمال دارد در  جلسه بعدی کمیسیون آنها هم تعیین تکلیف شوند.در این مدت طرح‌های بزرگی مثل محور دماوند، شوش، خلازیر، ده ونک ده ، کن  یا شهرک‌های بزرگی با قدمت بیش از 50-60 سال  مانند  پیکانشهر، شهرک های متعلق به نیروهای نظامی و ...مورد بررسی قرار گرفته، تصویب شده و ابلاغ شده اند .

فاطمی عقدا تصمیماتی که در این مدت در کمیسیون ماده 5 گرفته شد را در جهت نوسازی و کاهش خطرات زلزله در برخی از محلات فرسوده شهر تهران توصیف می کند و می گوید :‌ در مصوبات دقت لازم را داریم که  مُرّ قانون اجرا شود. تاکید داریمم  منافعی اگر نصیب مالکان و شهروندان می‌شود، حتما بخشی از آن منافع نصیب شهر هم باید بشود؛ لذا رعایت حقوق شهر و حقوق شهروند (هر دو) در مصوبات موردنظر هست.

او به اقداماتی که برای سیستمی شدن مراحل صدور مصوبات کمیسیون ماده 5 اشاره می کند و می گوید :‌ سیستمی کردن کل مراحل انجام بررسی پرونده  در کمیسیون از لحظه درخواست توسط شهروند تا لحظه ای که مصوبه‌ی کمیسیون گرفته و ابلاغ می‌شود و روی  طرح تفصیلی می‌نشیند و مناطق می توانند اقدام کنند، در دست انجام هست.پیگیری های انجام شده و همکاران ما جلسات زیادی داشتند و این پروژه پیشرفت بسیار خوبی هم داشته امیدواریم  بتوانیم تا پایان سال کل روند کار در دبیرخانه شماره 5 سیستمی شود و  مردم دیگر بدانند کارهایشان بسیار راحت انجام می‌شود و هیچ نیازی حتی به مراجعه حضوری ندارند.   دبیرخانه براساس اسناد ، مدارک تا حدی که در چارچوب قانون ، طبق طرح تفصیلی ، شرایط منطقه ، درخواست شهرداری منطقه و منطبق  بر طرح ها توسعه‌ای عمرانی منطقه باشد ، از حقشان دفاع می کند .

رییس دبیرخانه کمیسیون ماده 5 ادامه می دهد :‌ متوسط زمانی که  پرونده بعد از وصول توسط دبیرخانه تا ابلاغ مصوبه کمیسیون، به کمتر از سه هفته ر سیده  مگر اینکه پرونده‌هایی که مشکل داشته  و برگشت می‌خورند؛ در غیر این صورت روند بسیار روند پرسرعت و خوبی هست.سیستمی شدن و سرعت در رسیدگی به پرونده ها کمک می کند  که شبهاتی که پیرامون دبیرخانه بود از بین بروند و مردم بدانند که نیاز نیست به هیچ جا وصل شوند و کمک خواهند. دبیرخانه مدافع حقوق جدی شهروند و شهر هست.

او درخصوص این که چرا دیگر مصوبات کمیسیون ماده 5 در سایت این دبیرخانه قرار نمی گیرد هم می گوید : ممکن است  مشکل سامانه باشد. ما مصوبات را منتشر و بلافاصله آن را ابلاغ می‌کنیم و دیگر باید مراحلی را طی کند تا قانونا روی سایت گذاشته شود .