خاطرات پزشکان معالج امام حاکی از آن است که هر روز نزدیک به ۱۶ پزشک مشاور درباره نحوه کنترل بیماری ایشان جلساتی با حضور سیداحمد خمینی و برخی مسئولان تشکیل می‌دادند. در نهایت با توجه به این نکته که خونریزی شدید می‌توانست خطرناک و تهدیدکننده باشد، تیم پزشکی عمل جراحی را‌ اجتناب ناپذیر دانستند. 

دکتر سید حسن عارفی، سرپرست تیم پزشکی امام خمینی، در کتاب «طبیب دلها»نوشته است: آنچه در نهایت منجر به وخامت حال امام خمینی (س) شد، سرطان معده بود. در تاریخ ۲۸ اردیبهشت ۱۳۶۸ امام خمینی (س) علائمی همچون درد شدید شکم و خونریزی روده بزرگ نشان دادند. تیم پزشکی پس از انجام آزمایشات تشخیص سرطان معده دادند. تومورها و زخم‌های موجود در معده امام خمینی از نوع بسیار پیشرفته بود. 

دکتر هدایت الله الیاسی، متخصص بیهوشی و دردشناسی از خاطرات آن روزهای تلخ مردم ایران و مراحل تشخیصی بیماری امام خمینی(س) اینگونه می گوید:مدت زیادی بود که حضور امام شرفیاب نشده و از وضع مزاجی ایشان اطلاع‌‎ ‎‌کامل نداشتم، رادیوهای بیگانه هر هفته و هر ماه درباره وضعیت ایشان شایعات‌‎ ‎‌زیادی را پخش می ‌کردند و بر حسب سابقه من می ‌دانستم این شایعات دروغ و‌‎ ‎‌ ناصحیح است.‌

‌‌یک‌‎ ‎‌روز آقای دکتر فاضل از من خواست که‌‎ ‎‌در دفتر حضرت امام در جماران‌‎ ‎‌برای کار واجبی حاضر شوم آقایان دکتر عارفی، دکتر فاضل و دکتر زالی و چند نفر‎‌ از پزشکان حضور داشتند.‌‌‌مسئله بیماری و کسالت حضرت امام را مطرح کرده و گفتند:‎‌ چند روزی حضرت امام احساس ضعف و بی اشتهایی داشته ‌اند تا اینکه یک روز‎‌ خودشان متوجه خونریزی معده می ‌شوند و به پزشکان اطلاع می ‌دهند با آقای دکتر‌‎ ‎‌ زالی متخصص گوارش مشورت می ‌شود.

ایشان آندوسکپی از مری و معده به عمل‎‌ آورده متوجه زخم‌ های بزرگی در معده می ‌شود، منظره ظاهری بیشتر نشانه یک زخم‌‎ ‎‌ بدخیم بوده و می ‌خواستند بیوپسی کنند ولی ترس از تشدید خونریزی مانع بیوپسی‎‌ در این مرحله شده و اقدام به درمانهای طبی موقتی می ‌کنند تا در فرصت مناسب‌‎ ‎‌امکان آندوسکپی مجدد و بیوپسی فراهم شود، و مقدمتاً پزشکان به این نتیجه رسیده‌‎ ‎‌ بودند که خونریزی شدید می‌ تواند خطرناک و تهدیدکننده باشد و عمل جراحی‌ اجتناب ناپذیر است، لذا برای آمادگی و ارزیابی قبل از عمل و بیهوشی با اینجانب‎‌ مشورت شده بود. با توجه به سن حضرت امام و با توجه به سابقه بیماری قلبی ایشان‎‌ با در نظر گرفتن خونریزی شدید و ادامه یابنده که هموگلوبین خون را خیلی پایین‌‎ ‎‌آورده بود و عمل داخلی شکمی مهمّی که ایجاب می‌ کرد نسبتاً فوری انجام شود، ‌‎ ‎‌ذهن هر شخص مطلع و کارشناس را متوجه عوامل و خطرات عمده ‌ای می‌کرد که‌‎ ‎‌ناشی از شرایط فوق است.‌

‌‌در این مرحله، تصمیم به اصلاح اختلالات خونی و‌‎ ‎‌الکترولیتی و وضع عمومی و به دست آوردن فرصت مناسب برای آندوسکپی مجدد و‌‎ ‎بیوپسی و بررسی نتیجۀ بیوپسی و رادیوگرافی ها و سایر آزمایش ها در اسرع وقت گرفته‌ شد. تعداد پزشکان مشاور در این مرحله از ۱۶ نفر تجاوز می ‌کرد و روزانه اقلاً سه‌‎ ‎‌بار تمام پزشکان در اتاقی جمع شده و اغلب با حضور حاج سید احمد آقا خمینی‌‎‌ رحمت الله علیه و چند تن از مسئولان مملکتی برگزار می ‌شد، وضع عمومی و نتیجه‌‎ ‎‌بررسی و آزمایش‌ها و درمانها مورد بحث و تبادل نظر قرار می‌گرفت و تصمیم های‎‌ بعدی برای انجام آزمایشهای تشخیصی و درمانی مشخص می‌ شد.‌

الیاسی تعریف می کند عمل خوب انجام شد اما چند روز پس از عمل حال امام رو به وخامت رفت با اینکه از‌‎ ‎‌نظر بیهوشی و جراحی کوچکترین مشکلی پیش نیامد، اما تهاجم سلولهای لنفوئید‌‎ ‎‌سیل آسا شروع شد و یک روز ۱۰ هزار روز بعد ۲۰ هزار... و یک روز دیگر به پنجاه‌‎ ‎‌هزار و بیشتر رسید و تمام ارگانها از قلب و ریه و کلیه و مغز را فرا گرفت و سعی و‌‎ ‎‌تلاش پزشکان بجایی نمی‌رسید، مشاورین خونشناسی (اونکولوژی) نیز در اینحال‌‎ ‎‌حضور داشتند، آسید اوریک خون به علت لیز سلولی بالا می‌رفت، هوشیاری و تنفس‌‎ ‎‌بدتر می‌شد و قلب دیگر پمپاژ خون را خوب انجام نمی‌داد و یاس و نا امیدی بر همه‌‎ ‎‌چیز و همه کس مستولی می‌شد.‌

در نهایت خبر رحلت امام خمینی صبح روز ۱۴ خرداد سال ۱۳۶۸ به اطلاع عموم مردم ایران رسید. روزنامه‌های آن روز که تمام صفحه اصلی خود را به رحلت امام خمینی اختصاص داده بود، از تعطیلی کشور تا پایان هفته و اعلام ۴۰ روز عزای عمومی توسط سران سه قوه خبر ‌دادند. مراسم